Suite à la définition des principes qui guident l’écotaxe et à la délimitation d’un espace de taxation se pose la question de leur application technique et pratique. Divers dispositifs sont disponibles selon la technologie utilisée. Le choix du dispositif a fait l’objet de nombreuses oppositions portant sur des questions d’interopérabilité, d’efficacité, de coût (de court terme et de long terme) et de contrôle.

Si l’écotaxe respecte la directive européenne sur l’interopérabilité, certains acteurs remettent en question l’ampleur du dispositif technique qu’elle entraîne et la nécessité d’un partenariat public-privé pour le mettre en place.