Le crédit impôt recherche est distribué et administré par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (MESR). Pour pouvoir en bénéficier, les entreprises doivent remplir une déclaration de dépenses en recherche et développement. Pour faciliter les démarches administratives, les grandes entreprises et les PME font appel à des cabinets de conseil spécialisés dans la stratégie en innovation.

Afin d’éviter les abus, la Direction Générale des Finances Publiques (DGFiP) effectue des contrôles fiscaux de concert avec le ministère, qui s’occupe de la pertinence scientifique des sujets de recherche. Tous les ans, le budget du crédit impôt est rediscuté dans le cadre de la loi sur le budget de l’année à venir. À cette occasion, des commissions d’enquête sénatoriales se réunissent pour effectuer un bilan du crédit impôt recherche sur l’année passée.

Certains organismes indépendants utilisent les données du ministère pour publier des rapports sur le crédit impôt recherche, comme Science en Marche, ou pour synthétiser les rapports de la direction générale des finances sous forme d’infographies, comme l’observatoire du CIR.

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