Face aux dangers que représentent les mutilations génitales pour le corps de la femme, la médecine s'est mobilisée pour mettre en oeuvre des techniques permettant de protéger leur santé. Les réponses apportées, qu'elles soient préventives ou curatives, soulèvent des polémiques virulentes dans le milieu de la santé.

Tout d'abord, afin de protéger les fillettes, des procédés de médicalisation de l'excision ont été mis en place. Ce phénomène qui tend à normaliser cette pratique trouve de nombreux détracteurs.

Une autre technique, celle de la reconstruction chirurgicale du clitoris (clitoridoplastie), a été élaborée par un urologue français, le Dr Foldès. Ce processus oblige les jeunes femmes à rejeter leur culture et une partie de leur histoire, ce qui ne manque pas d'engendrer des troubles psychologiques.