La religion est l'’une des raisons principales mentionnées par les populations lorsqu'’on leur demande pourquoi elles pratiquent l'’excision. C’est le cas des populations musulmanes d’'Asie du Sud et d’'Indonésie qui ont adopté l’'excision pour des raisons religieuses.

Selon une enquête faite sur 2000 hommes Soudanais, 59% affirment que la religion est la raison principale de l'’excision, alors que chez les femmes seules 14% la considèrent comme la raison principale. Cependant, la décision d'’excision repose la plupart du temps sur l’'homme, donc il est normal que la religion ait une telle importance.

Cet ancrage de la religion est d'’autant plus surprenant que les experts qui se sont penchés sur le sujet affirment pratiquement unanimement que l'’Islam ne préconise pas du tout 'l’excision. Il faut également savoir que l’'Islam n'’est pas la seule religion concernée, les Chrétiens soudanais pratiquent également l'’excision, ainsi que des Juifs éthiopiens (les Falashas) dont beaucoup vivent maintenant en Israël.

L'’Islam est également souvent utilisé pour passer à des versions plus extrêmes d'’excision comme l'’infibulation. L'’ancien mufti du Soudan Shayk Ahmed El Taher s'’est d’ailleurs prononcé contre l'’infibulation au Soudan (où 80% des femmes sont infibulisées) en s'’appuyant sur l'’Islam.

La plupart des théologiens et académiques islamistes affirment qu'’aucune forme d'’excision n'’est requise par l'’Islam et disent même que, puisque ce n’est pas une pratique islamiste, elle ne devrait pas être effectuée. L'’argument le plus pertinent est que le Coran (la voie directe de Dieu) ne mentionne Jamais l'’excision. Cependant les musulmans aiment également s'’inspirer du Hadith, c’est-à-dire des actions et paroles qui seraient attribuées au prophète. Le problème de ces sources est qu'’elles ont été au début uniquement transmises par tradition orale et qu’elles ont été écrites uniquement des décennies plus tard, et ont donc pu être altérées lors de la transmission et également par les régimes politiques qui étaient alors en place. Selon ces sources le prophète aurait dit à une femme s'’aprêtant à exciser : "Réduit mais ne détruit pas"”. Il y a cependant plusieurs versions de cette citation et Soudan Shayk Ahmed El Taher en a d’'ailleurs proposé trois, où il est dit de ne “pas "aller profond"” : l'’une d’'elles met en avant la raison que cela augmenterait le plaisir de la femme, alors que les deux autres disent que c’'est “‘plus "illuminant pour la face"” -le sens de cette raison-là étant difficile à comprendre. Dans tous les cas les versions extrêmes d'’excision ne semblent pas du tout recommandées.

Un médecin musulman affirme même (en se référant à un vieux texte islamique de Ibn Al-Qayyim Al-Joziya) que la plupart des interprétations du Hadith sont erronées et que le prophète parlait du simple retrait du prépuce du clitoris et non d'’une excision. Ce médecin explique également que le but n'’est pas du tout d’'atténuer le plaisir sexuel de la femme, une telle opération peut même l'’augmenter: elle est par exemple effectuée aux Etats-Unis sur des femmes n'’arrivant pas à avoir d'’orgasmes. Une telle interprétation amplifie la sexualité de la femme et les pratiques courantes d'’excision qui l'’inhibent seraient donc contraire à l'’Islam.